現在も北朝鮮は事件への関与を否定しており、韓国による自作自演を主張しているが、この事件の指導と総指揮は、当時既に金日成の後継者に指名されていた朝鮮労働党書記金正日（朝鮮民主主義人民共和国国防委員会委員長）が執ったと言われている。
その主な目的は、「大韓航空機の原因不明の空中分解」によって大韓航空のみならず韓国政府の国際社会における信頼性低下を引き起こし、その結果として翌年にソウルで行われるソウルオリンピックの妨害を行うことであったと言われている。具体的には北朝鮮の同盟国であった東側共産圏諸国にオリンピックをボイコットさせる動機のひとつにしようというものであった（他にもオリンピックそのものを中止させるためともいわれているが、効果は疑問である）。これはオリンピックのエントリー締切が1988年1月17日であり、妨害するならこの時期が最後の機会であったためである。
しかし、金賢姫がハンガリーに北朝鮮パスポートで入国し、そこから日本の偽造パスポートで出国したことから、ハンガリー当局は北朝鮮による謀略があったと判断し、当時の東側陣営の盟主であったソ連へ報告したため、東側社会主義国全体からも「卑劣なテロ国家」として認識されるようになった。そのため、オリンピック参加を曖昧にしていたソ連及び中国は正式に参加表明、他の東欧諸国も追随し参加を表明した。結局参加しなかったのは北朝鮮ぐらいであった。
その後、北朝鮮は米韓合同軍事演習を「戦争の瀬戸際だ」と喧伝し有事の際の支援を要請したが、中ソ両国から反感を買った[14]。翌年の6月には金日成が中ソ両国を訪問したが、その場で「これ以上オリンピックの妨害工作をするのであれば、北朝鮮が1989年に開催する世界青年学生祭典には参加しない」と、圧力をかけられたという[15]。
ソ連のタス通信は当時「事件は事実である」と伝えたうえで、「実行犯の自白のみが証拠であり、韓国当局による捏造説とする見方もある」と報道[16]したが、北朝鮮の主張を全面的に擁護するものではなかった。以上のことから、北朝鮮は当初の目的とは異なり、事件に対して直接的な批判こそされなかったが、建前上は同盟国である他の社会主義国陣営からも顰蹙を買ったといえる。なお、ソ連は1990年に、中国は1992年に北朝鮮の激しい抗議を無視して、韓国との国交を樹立した。
事件後に当事国のみならず世界各国により北朝鮮への非難が巻き起こったが、北朝鮮が意図した「韓国の信頼低下」という現象は起こらず、翌1988年には無事ソウルオリンピックが開催された。またテロ事件は日本人や韓国人、レバノン人などに対する拉致問題やラングーン事件に並んで北朝鮮による国家犯罪の典型として一般的に認識されている。
要するにですね・・・
金賢姫がハンガリーに北朝鮮パスポートで入国し、そこから日本の偽造パスポートで出国したおかげで、ソウルオリンピックにソ連及び他の東欧諸国や中国が参加したわけですよ。（爆ｗ
で、何故ソ連及び他の東欧諸国や中国をどうしても参加させなきゃダメだったかと申しますと・・・
ソ連及び他の東欧諸国や中国が参加しないと「世界統一」にはなりませんから。（爆ｗ
その後の某宗教団体のイベント会場として利用するために作った器ですから。（爆ｗ
要するにそう言う話でしょ、中井洽拉致問題担当相＠三重県＆鳩山由紀夫＠統一教会＆真光さん！（爆ｗ
別に北を擁護する気は無いけど、韓国サイドによる数千人の日本人女性の洗脳拉致問題の方が深刻な問題じゃまいか？（爆ｗ
テロカルト＠韓国サイドによる拉致も何とかしてください！千葉法務相！（爆ｗ